À l’intérieur d’une église catholique, le sanctuaire est l’emplacement où se dresse l’autel principal et qui est réservé aux prêtres et à ceux qui les aident au cours des cérémonies liturgiques.
Dans un sens plus large, on appelle sanctuaire une église ou un lieu sacré où l’on se rend en pèlerinage (par exemple le sanctuaire marial de Lourdes)
Dans l’Ancien Testament ce mot désignait la partie la plus sacrée du Temple de Jérusalem : le Saint des Saints, où était placée l’Arche d’Alliance.